Основным организационно-функциональным звеном в системе оздоровительной и спортивно-массовой работы академии является кафедра физического воспитания и спорта, которая взаимодействует со спортивным клубом КГСХА.

В академии культивируются такие виды спорта как: лыжные гонки, легкая атлетика, зимний и летний полиатлон, волейбол, баскетбол, гиревой спорт, пауэрлифтинг (силовое троеборье), армреслинг (борьба на руках), футбол, настольный теннис, шахматы, дартс, туризм. В спортивных секциях ежегодно занимаются около 300 студентов. Наибольшие достижения спортсмены КГСХА имеют в гиревом спорте (тренер М.Ф. Антонов), полиатлоне (тренеры О.Н. Токмакова, Ю.И. Якунин), пауэрлифтинге (тренер А.Н. Зинцов).

Каждый год проводится Спартакиада среди студентов, программа которой включает от 9 до 12 видов спорта. Организовутся соревнования среди сотрудников академии по лыжным гонкам, стрельбе, волейболу, баскетболу, шахматам.

В течение каждого учебного года спортсмены академии участвуют более чем в 60 соревнованиях различного уровня по разным видам спорта. В ноябре 2008 года студентка факультета механизации Светлана Красавина стала чемпионкой мира среди юниорок по гиревому спорту. В июле того же года студент факультета элетрификации Иван Шаблов стал чемпионом Универсиады вузов МСХ России в соревнованиях по летнему полиатлону. В январе 2009 года сотрудник академии Надежда Середа стала серебрянным призером чемпионата Северо-запада России по пауэрлифтингу.

За последние 5 лет тренерами академии было подготовлено 18 мастеров спорта, 30 кандидатов в мастера спорта, более 50 спортсменов 1-го разряда и около 300 спортсменов массовых разрядов.

По итогам развития физической культуры и спорта среди вузов области в 2007 и 2008 годах академия дважды занимает 2 место.

Достойно выступают команды академии на Универсиаде среди вузов Минсельхоза России. Постоянными призерами этих соревнований являются сборные команды КГСХА по гиревому спорту, летнему и зимнему полиатлону. По итогам выступлений в 2007-2009 гг. Костромская ГСХА входит в первую десятку среди 53 аграрных вузов России